A ARPA foi fundada em 11 de julho de 1988, graças à iniciativa do Bispo Diocesano de Rondonópolis Dom Osório Stoffel, hoje resignatário. Dom Osório foi seu primeiro presidente, e em um esforço conjunto de Deputados Estaduais, professores, cientistas, médicos, advogados e outros profissionais, foi fundada a organização não governamental, caracterizada como pessoa jurídica, de direito privado, apartidária, sem fins lucrativos, hoje considerada por lei municipal, entidade de utilidade pública.

A ARPA, nasceu, lastreada em outra entidade já estabelecida em Rondonópolis: o Centro de Direitos Humanos. Criado a partir de uma pastoral da Igreja Católica de Rondonópolis, sob a iniciativa do Padre Günther Lendbradl. Este Centro iniciou suas atividades no ano de 1985 e seus objetivos eram a assessorar juridicamente pessoas e grupos carentes; acompanhar aos presidiários, educar e dar formação sobre direitos humanos junto às Comunidades Eclesiais de Base, sindicatos, escolas e grupos de jovens.

Ao longo de sua história a ARPA vem exercendo um papel de fiscalizador das atividades públicas e privadas, através de denúncias, manifestações e outras ações que despertem a responsabilidade socioambiental na população e nas entidades governamentais responsáveis pela aplicação da legislação ambiental em toda sua amplitude. Além disso, realiza campanhas de motivação em educação ambiental nos diversos segmentos da sociedade.

No decorrer de dez anos, a ARPA, foi testemunha e agente ativo na mudança de hábitos, e na formulação das leis ambientais. Seja catalisando os anseios da comunidade, formulando políticas ou desenvolvendo atividades, muitas vezes de inteira responsabilidade do poder público, a ARPA tem prestado relevante serviço em prol do patrimônio da humanidade. Sendo hoje reconhecida por seu poder de articulação política, e por seus serviços prestados. Hoje é parceira de órgãos governamentais como a Marinha do Brasil, Governo do Estado de Mato Grosso, através da Fundação Estadual do Meio Ambiente, Prefeituras, Lins Clube, Rotary Clube e Lojas Maçônicas de Rondonópolis.

Em 1994, quando a ARPA passou a trabalhar mais intensivamente na fiscalização dos recursos hídricos, e especificamente no combate à pesca predatória, a entidade adotou rumos e ações de certa forma inusitados e pode-se dizer quase que sem precedentes. Com a arrecadação de fundos junto a particulares, diversas empresas e a própria Prefeitura, a entidade preenche um espaço vago na fiscalização ambiental, fruto da ineficiência do Estado em suprir tal demanda. Assim a imagem que ficou mais cristalizada foi a de fiscalizadora dos rios da região sul do estado pertencentes à mesma bacia do Pantanal.

Nos últimos anos, com a implantação da Fundação Estadual de Meio Ambiente (FEMA) na região sul do estado, o foco de seus trabalhos vem mudando. Atualmente os objetivos da entidade estão centrados na Educação Ambiental, como processo contínuo, e na recuperação de áreas degradadas. Novo período histórico se impôs e os tempos demandam ações e soluções de entidade do terceiro setor que estão em sintonia com os anseios das comunidades, na tentativa de reverter alguns processos de degradação intensos, especialmente em áreas urbanas.

Atualmente a ARPA tem representação em vários conselhos municipais e também no Conselho Estadual de Meio Ambiente (CONSEMA) como uma das organizações ambientalistas representantes da Bacia do Alto Paraguai. Além disso, participa como membro da comissão externa de avaliação do Centro Ensino Superior de Rondonópolis (CESUR) e como grupo focal do grupo GEO/ MMA de educação ambiental para jovens no sul do Mato Grosso. Também é um elo da Rede Matogrossense de Educação Ambiental e nessa posição realizou o 1° Encontro de Educadores Ambientais da região Sul de Mato Grosso em 2004.